Triad sou.

SAS/STAT 14.2

SAS

New Procedures 最近は因果推論関係に力をいれているのか、procedure がふたつ追加されていました What's New in SAS/STAT 14.2 - New Procedures)。 CAUSALTRT Procedure: 二値 or 連続アウトカム、二値の治療変数の場合の average causal effect (ATT と A…

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.2-4 is on CRAN

RcmdrPlugin.KMggplot2 v0.2-4 (an Rcmdr plug-in; a GUI for 'ggplot2') was released on Dec. 20, 2016. RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) NEWS Changes in version 0.2-4 (2016-12-20) ggplot2 2.2.0 was supported. Added ggplot2's colour/fill scales (sc…

ggplot2-2.0.0 の拡張

ggproto と export ggplot2 の v2.0.0 では OO の機構が ggproto というパッケージ内に含まれた独自のものに変更され、他のパッケージからの拡張が容易になったようです。 詳しくは、Extending ggplot2 に公式の解説があるので、これを熟読すると良いでしょ…

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.2-3 now on CRAN

New version (v0.2-3) of 'RcmdrPlugin.KMggplot2' (an Rcmdr plug-in; a GUI for 'ggplot2') released. RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) NEWS Changes in version 0.2-3 (2015-12-30) New geom_stepribbon(). Pointwise confidence intervals of Kaplan-Meier…

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.2-1 is on CRAN now

I posted a new version of the "RcmdrPlugin.KMggplot2" package, which is an Rcmdr plug-in for a "ggplot2" GUI front-end. RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) NEWS Changes in version 0.2-1 (2015-12-14) Kaplan-Meier plot: fixed a bug was caused by a …

ggplot2の最新版(1.1.0?)ではまった点のメモ

そろそろ ggplot2 の最新版が CRAN にリリースされるようなので、自分のパッケージのメンテナンスをしました。 メンテナンス中に困った点をメモしておこうと思います。 stat_summary fun.args でパラメータを渡さないとエラー。 # <= 1.0.1 stat_summary(fun…

SAS/STAT 14.1 が出たようだ

SAS

Enhancements in SAS/STAT 14.1 Software 以下の変更点が特に気になった。 LIFETEST Procedureが Gray's test + CIF のノンパラメトリック推定量 (Gray 1988) に対応 (かなりうれしい!) MIXED Procedure でも ddfm = KENWARDROGER2 が追加された、Kenward &…

SAS University Editionのアップデート

SAS

いつのまにかアップデートがきていたようで、SAS/STAT 13.2が利用できるようになっていました! バージョンの確認 PROC PRODUCT_STATUS; run; テスト実行 GEE Procedureも実行できました。

SAS/STAT 13.2

SAS

またバージョンが上がったいたらしい! かなり使い勝手がよくなりそうな機能拡張が含まれているので、結構期待しています(特にNLMIXED)。 GEE Procedure (評価版) ついにGEEのProcedureが出たらしい。 Observation-specific and subject-specific weighted e…

SAS University Editionでグラフを描く

SAS

SAS University EditionにはSAS/GRAPHが含まれていないため、グラフ用のプロシジャについてが気がかりでした。 SAS/GRAPHのGPLOT Procedure等に慣れ親しんでいる人も多いと思いますが、残念ながらSAS University EditionではGPLOTは使えません。 しかし、SAS…

SAS Analytics U

SAS

SASからSAS University Editionというソフトがリリースされていました。 SAS Analytics U 含まれるパッケージは、BASE SAS(R), SAS/STAT(R), SAS/IML(R), SAS/ACCESS(R) TO PC FILES およびSAS STUDIO(R)だそうです。 Mac, Linuxでも使用できるようです。 FA…

sashelp.vcolumn と sashelp.vtable によるデータセット情報の抽出

SAS

sashelp.vcolumn や sashelp.vtable などには、SAS にロードされた全データセットの情報が格納されている。 そのため、フォーマットだったり、オブザベーション数だったり、変数の数だったり、他にも非常に細かい情報を取り出すことができる。 大胆だなぁ。 …

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.2-0 is on CRAN now

I posted a new version of the "RcmdrPlugin.KMggplot2" package, which is an Rcmdr plug-in for a "ggplot2" GUI front-end. This package assists you to make "ggplot2" graphics. RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) NEWS Changes in version 0.2-0 (2013-0…

Firefox のタブが接続中のままになるエラー

PC

エラー: ReferenceError: oldSetTabTitle is not defined ソースファイル: chrome://tabmixplus/content/utils.js 行: 347こんなエラーがでてタブの名前が全部接続中に・・・ Tab Mix Plus をオフにするとなおるけどどうしたもんか。 ↓ アドオンのソースを調…

Time-dependent (varying) covariate / Time-dependent (varying) effect

比例ハザードモデルとその拡張のちょっとしたメモ。 色々調べると、time-dependent と time-varying は特に区別していない文献ばかりだった 当然 covariate と effect では意味が違うので注意 Proportional hazard $h(t, \mathbf{x}, \boldsymbol{\beta}) = …

Recoding a factor variable in a data.frame by the levels() function

R

When you want to change the coding of a factor variable in R, you can use the levels() function. Recoding z as 1 = A, 2-6 = B, 7 = C d <- data.frame(z = gl(7, 1, 14)) d$zc <- factor(d$z) levels(d$zc) <- list(A = 1, B = 2:6, C = 7) d Result…

Penalized quasi-likelihood について

GLMM の推定アルゴリズムに Penalized quasi-likelihood (PQL) という方法があるのですが、整理のためメモを書くことにしました。 PQL 混合効果モデルのパラメータ推定において、周辺尤度の積分を必要とする方法があることはよく知られていると思います。 GL…

Log-gamma distribution

A log-gamma random variable, $Y$, is defined as, \[ Y=\exp(-X) \] where $X \in [0, \infty)$ follows a gamma distribution, and $Y \in (0, 1]$. The probability density function of the log-gamma distribution is \[ f_Y(y)=\frac{b^a\left\{\log(…

Java Compiler API を使って何かしてみよう

Java のバイナリから Java ソースコードをコンパイルするための API を使って、String 型の文字列をコンパイルし、クラスから static なメソッドを呼んで値を返す方法を模索していました。 以下のプログラムと解説を参考にしています Compiling from Memory …

R Commander による Kaplan-Meier プロットの作図手順

R

R のインストール バージョン 2.15.0 以上の R をインストールします。ソフトウェアのインストールをした経験がある方なら特に困ることはないでしょう。 Windows の場合 Download R-3.2.3 for Windows. The R-project for statistical computing. Mac の場合…

記号微分

R

deriv を利用して、R で記号微分してみます。 正規分布の対数尤度関数を記号微分してみよう 正規分布の対数尤度関数は、 \[ l(\mu, \s; x)=-\frac{\log(2\pi\s^2)}{2}-\frac{(x - \mu)^2}{2\s^2} \] ですので、これを偏微分すると、 \[ \begin{align*} \frac…

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.1-0 is on CRAN now

I posted a new version of the "RcmdrPlugin.KMggplot2" package, which is an Rcmdr plug-in for a "ggplot2" GUI front-end. This package assists you to make "ggplot2" graphics. RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) NEWS Changes in version 0.1-0 (2012-0…

"..count.. + facet_grid" の挙動について

追記 ggplot-0.9.1 で修正されていました! ggplot-0.9.1 での実行結果 メモ スクリプトの書き方が良くないのかもしれませんが、..count.. と facet_gridを併用したときの挙動をメモっておきます。 バージョンは R-2.15.0 + ggplot-0.9.0 です。 こう書くと…

行列のスカラー微分のメモ

$\mathbf{A}$, $\mathbf{B}$ について、スカラー $\theta$ で微分する場合を考える。 だたし、 \[ \mathbf{A}= \left\{ a_{ij} \right\}, \frac{\partial \mathbf{A}}{\partial \theta}= \left\{ \frac{\partial a_{ij}}{\partial \theta} \right\} \] とし…

色の反転

public Color invertColor(Color color) { return new Color( 255 - color.getRed(), 255 - color.getGreen(), 255 - color.getBlue() ); } サンプル

ちらつかない JEditorPane クラス の setText メソッド

JEditorPane クラス の setText メソッドは public void setText(String t) { try { Document doc = getDocument(); doc.remove(0, doc.getLength()); if (t == null || t.equals("")) { return; } Reader r = new StringReader(t); EditorKit kit = getEdit…

New 'ByteCompile' field in the DESCRIPTION file

R

R 2.14.0 から DESCRIPTION ファイルに 'ByteCompile' フィールドを指定できるようになったらしい。 パッケージ中の R コードを自動的にバイトコンパイルしてくれるため、ものによっては高速化が見込めるという感じ。 試してみようかな。 The `ByteCompile' …

JTextArea to JTable / JTable to JTextArea

Java Swing でテキストエリア テーブルの例を作ってみました。 csv っぽい形式で JTextArea 入力されているデータを JTable に読み込んだり、JTable のデータを csv っぽい形式に掃き出す事ができます。 ポイント 最初に作成した JTable クラス型のオブジェ…

任意の底の対数

SAS

proc fcmp outlib = sasuser.funcs.logbase; function logbase(x, base); return (log(x) / log(base)); endsub; run; options cmplib = sasuser.funcs; data test; a = logbase(48, 7); b = logbase(49, 7); proc print; run;OBS a b 1 1.98940 2

一般化線型モデルの復習

仮定 確率分布 確率変数 $Y_i$ が互いに独立に canonical form の指数型分布族、 \[ f_{Y_i}(y_i)=\exp\left\{ [y_i \theta_i - b(\theta_i)] / \phi^2 - c(y_i, \phi) \right\}, \] に従う事を仮定する ($Y_i \overset{\rm{i.i.d.}}{\sim} f_{Y_i}(y_i)$)。…