Triad sou.

割合の差のスコア検定

割合の差のスコア検定 以下のツイートをしましたところ、情報提供をいただきましたので、まとめた文章を作成しました。リスク差の検定の方の式を見るとWald型の統計量で、カイ二乗検定(これはスコア型の検定に一致する)と違うものになっているので、同じに…

forestplotパッケージのコードメモ

R

役に立ちそうだったので、メモを作成してみました。 library(forestplot) library(dplyr) dat1 <- read.table(textConnection(" l0 l1 l2 l3 l4 l5 hr lcl ucl Variable 1 100 50 50 0.83 (0.70, 0.99) 0.041 0.833 0.698 0.992 Variable 2 100 50 50 2.34 (…

GEEの注意点の論文(Pepe & Anderson, 1994)を読んだ話

Pepe & Anderson (1994) 先日雑談をしていて、GEEで時間依存性共変量を使うときに注意が必要という話題になり、この論文を思い出して改めて読みなおしてみようかなと思った次第です。 A Key Condition 細かい話は論文を確認すれば良いとして、この論文で書か…

クロスオーバーデザインにおける順序カテゴリデータの解析 (Senn, 1993)

Senn (1993) クロスオーバーデザインで順序カテゴリアウトカムを用いた場合の解析方法を知らなかったので、このレターを読んでみて、メモを作成しました。 このレターは、Ezzet & Whitehead (1991, Stat Med) に対してコメントをしたもので、Ezzet & Whitehe…

1:1マッチングの場合の2×2×K表の共通オッズ比の無条件の最尤推定量

$K$層の積二項分布モデルの無条件の尤度関数から導かれるスコア方程式 $k$番目の層のCase群の曝露ありの人数が二項分布$X_{11k} \sim Bin(n_{1+k}, p_{1k})$に従い、$k$番目の層のControl群の曝露ありの人数が二項分布$X_{01k} \sim Bin(n_{0+k}, p_{0k})$に…

Bland-Altman分析とlimits of agreementと思い出

はじめに Bland-Altman分析は、臨床検査等について2つの方法の間の一致を評価するための統計的手法です。 Martin Bland先生とDouglas Altman先生が提案し、Lancetに載った論文は5万回以上引用されています(2022/2/1 Google Scholar)。 当時は2つの方法の一…

Docker DesktopでローカルにOverleaf環境を構築した時のメモ

TeX

Docker Desktopのインストールが簡単にできるようになったという記事を拝見したため、Overleaf Community Editionを設定してみたメモを作りました。 GitHub - overleaf/overleaf: A web-based collaborative LaTeX editor Docker Desktopをインストールしま…

ある仮定のもとでのKaplan–Meier推定量の正確な分布について

はじめに この記事はあまり実用的ではないです。 調べた内容を忘れてしまうともったいないような気がしたので、一応メモしておくことにしました。生存関数のKaplan–Meier推定量$\hat{S}(t)$は非常によく使われていて、$\sqrt{n}\{\hat{S}(t)-S(t)\} \to^d -S…

WSLをインストールしてRStudio Serverを動かしてみた

R

現在のStanの計算は、WindowsよりLinuxの方が3倍ぐらい速いみたい(モデルにもよるけど)。Windowsの人はWSLをインストールして実行せよ、そしてRStudioサーバを使って開発するといいよ、とのこと。 https://t.co/6dpU7USlOh— Kentaro Matsuura (@hankagosa) 2…

部分集団と集団全体での割合の差に対する推測

以下のような状況を想定する。 あるマーカーが陽性の時の真の有病率を$p_1$、あるマーカーが陰性の時の真の有病率を$p_2$とする ある集団では、陽性の$n_1$人のうち病気は$X_1$人であり、陰性の$n_2$人のうち病気は$X_2$人であった ある集団全体では$n=n_1+n…

層内に相関のあるK×2×2分割表の共通オッズ比の推測について

Liang KY. Odds ratio inference with dependent data. Biometrika 1985; 72(3): 678–682. k x 2 x 2表の共通オッズ比の推定で、独立な積二項モデルの仮定のもとではCMLEもMH推定量も一致性があるが、層内で相関がある(ベータ二項モデルなど)とMH推定量しか…

SAS/STAT 14.3

SAS

New Procedure 14.2に続いて因果推論系のプロシジャが追加されていますね。 CAUSALMED Procedure: Causal mediation analysis用のプロシジャですね (The CAUSALMED Procedure)。いくつかの方法で、直接効果・間接効果を分解した推定ができるようです。 Enhan…

SAS/STAT 14.2

SAS

New Procedures 最近は因果推論関係に力をいれているのか、procedure がふたつ追加されていました What's New in SAS/STAT 14.2 - New Procedures)。 CAUSALTRT Procedure: 二値 or 連続アウトカム、二値の治療変数の場合の average causal effect (ATT と A…

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.2-4 is on CRAN

RcmdrPlugin.KMggplot2 v0.2-4 (an Rcmdr plug-in; a GUI for 'ggplot2') was released on Dec. 20, 2016. RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) NEWS Changes in version 0.2-4 (2016-12-20) ggplot2 2.2.0 was supported. Added ggplot2's colour/fill scales (sc…

ggplot2-2.0.0 の拡張

ggproto と export ggplot2 の v2.0.0 では OO の機構が ggproto というパッケージ内に含まれた独自のものに変更され、他のパッケージからの拡張が容易になったようです。 詳しくは、Extending ggplot2 に公式の解説があるので、これを熟読すると良いでしょ…

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.2-3 now on CRAN

New version (v0.2-3) of 'RcmdrPlugin.KMggplot2' (an Rcmdr plug-in; a GUI for 'ggplot2') released. RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) NEWS Changes in version 0.2-3 (2015-12-30) New geom_stepribbon(). Pointwise confidence intervals of Kaplan-Meier…

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.2-1 is on CRAN now

I posted a new version of the "RcmdrPlugin.KMggplot2" package, which is an Rcmdr plug-in for a "ggplot2" GUI front-end. RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) NEWS Changes in version 0.2-1 (2015-12-14) Kaplan-Meier plot: fixed a bug was caused by a …

ggplot2の最新版(1.1.0?)ではまった点のメモ

そろそろ ggplot2 の最新版が CRAN にリリースされるようなので、自分のパッケージのメンテナンスをしました。 メンテナンス中に困った点をメモしておこうと思います。 stat_summary fun.args でパラメータを渡さないとエラー。 # <= 1.0.1 stat_summary(fun…

SAS/STAT 14.1 が出たようだ

SAS

Enhancements in SAS/STAT 14.1 Software 以下の変更点が特に気になった。 LIFETEST Procedureが Gray's test + CIF のノンパラメトリック推定量 (Gray 1988) に対応 (かなりうれしい!) MIXED Procedure でも ddfm = KENWARDROGER2 が追加された、Kenward &…

SAS University Editionのアップデート

SAS

いつのまにかアップデートがきていたようで、SAS/STAT 13.2が利用できるようになっていました! バージョンの確認 PROC PRODUCT_STATUS; run; テスト実行 GEE Procedureも実行できました。

SAS/STAT 13.2

SAS

またバージョンが上がったいたらしい! かなり使い勝手がよくなりそうな機能拡張が含まれているので、結構期待しています(特にNLMIXED)。 GEE Procedure (評価版) ついにGEEのProcedureが出たらしい。 Observation-specific and subject-specific weighted e…

SAS University Editionでグラフを描く

SAS

SAS University EditionにはSAS/GRAPHが含まれていないため、グラフ用のプロシジャについてが気がかりでした。 SAS/GRAPHのGPLOT Procedure等に慣れ親しんでいる人も多いと思いますが、残念ながらSAS University EditionではGPLOTは使えません。 しかし、SAS…

SAS Analytics U

SAS

SASからSAS University Editionというソフトがリリースされていました。 SAS Analytics U 含まれるパッケージは、BASE SAS(R), SAS/STAT(R), SAS/IML(R), SAS/ACCESS(R) TO PC FILES およびSAS STUDIO(R)だそうです。 Mac, Linuxでも使用できるようです。 FA…

sashelp.vcolumn と sashelp.vtable によるデータセット情報の抽出

SAS

sashelp.vcolumn や sashelp.vtable などには、SAS にロードされた全データセットの情報が格納されている。 そのため、フォーマットだったり、オブザベーション数だったり、変数の数だったり、他にも非常に細かい情報を取り出すことができる。 大胆だなぁ。 …

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.2-0 is on CRAN now

I posted a new version of the "RcmdrPlugin.KMggplot2" package, which is an Rcmdr plug-in for a "ggplot2" GUI front-end. This package assists you to make "ggplot2" graphics. RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) NEWS Changes in version 0.2-0 (2013-0…

Firefox のタブが接続中のままになるエラー

PC

エラー: ReferenceError: oldSetTabTitle is not defined ソースファイル: chrome://tabmixplus/content/utils.js 行: 347こんなエラーがでてタブの名前が全部接続中に・・・ Tab Mix Plus をオフにするとなおるけどどうしたもんか。 ↓ アドオンのソースを調…

Time-dependent (varying) covariate / Time-dependent (varying) effect

比例ハザードモデルとその拡張のちょっとしたメモ。 色々調べると、time-dependent と time-varying は特に区別していない文献ばかりだった 当然 covariate と effect では意味が違うので注意 Proportional hazard $h(t, \mathbf{x}, \boldsymbol{\beta}) = …

Recoding a factor variable in a data.frame by the levels() function

R

When you want to change the coding of a factor variable in R, you can use the levels() function. Recoding z as 1 = A, 2-6 = B, 7 = C d <- data.frame(z = gl(7, 1, 14)) d$zc <- factor(d$z) levels(d$zc) <- list(A = 1, B = 2:6, C = 7) d Result…

Penalized quasi-likelihood について

GLMM の推定アルゴリズムに Penalized quasi-likelihood (PQL) という方法があるのですが、整理のためメモを書くことにしました。 PQL 混合効果モデルのパラメータ推定において、周辺尤度の積分を必要とする方法があることはよく知られていると思います。 GL…

Log-gamma distribution

A log-gamma random variable, $Y$, is defined as, \[ Y=\exp(-X) \] where $X \in [0, \infty)$ follows a gamma distribution, and $Y \in (0, 1]$. The probability density function of the log-gamma distribution is \[ f_Y(y)=\frac{b^a\left\{\log(…