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R Commander による Kaplan-Meier プロットの作図手順

R

  1. R のインストール
  2. バージョン 2.15.0 以上の R をインストールします。ソフトウェアのインストールをした経験がある方なら特に困ることはないでしょう。


  3. R Commander のインストール

  4. R を起動し、以下のコマンドを実行するか、パッケージのインストール画面等から "Rcmdr" を選択します。

    install.packages("Rcmdr")
    

    • パッケージインストール画面の表示


    • ミラーサーバーを選択 (なるべく近そうなサーバを選ぶと良いでしょう)


    • インストールするパッケージの選択


    インストールエラーが表示された場合は、もう一度同じ操作を行ってみてください。


  5. R Commander プラグインのインストール

  6. 同様にプラグインをインストールします。
    以下のコマンドを実行するか、パッケージのインストール画面等から "RcmdrPlugin.KMggplot2" を選択します。上の画像のように、複数のパッケージを同時にインストールすることもできます。

    install.packages("RcmdrPlugin.KMggplot2")
    

  7. R Commander の起動

  8. 以下のコマンドを実行するか、パッケージのロード画面から "Rcmdr" を選択します。

    library("Rcmdr")
    


    RcmdrPlugin.KMggplot2 0.2-0 以降では、R Commander の起動とプラグインのロードを同時に行うことができます。
    以下のコマンドを実行するか、パッケージのロード画面から "RcmdrPlugin.KMggplot2" を選択します。

    library("RcmdrPlugin.KMggplot2")
    

    ロードが終了したら、5 番目のステップ (プラグインの読み込み) を実行する必要はありません。



    • パッケージのロード


    • 初回起動時は、以下の様な画面が表示されるはずなので、両方共そのまま [はい] を選択します。選択すると必要なパッケージが自動的にインストールされます




    • Rcmdr の起動画面



  9. R Commander プラグインの読み込み

  10. グラフ作成に必要なプラグインを読み込みます。


    • プラグインのロード




    • 再起動を促されるので再起動します



  11. データの読み込み

    • イベント変数をイベントありの場合が 1、打ち切りの場合が 0 でコーディングした形式のデータを準備し、クリップボードにコピーしておきます




    • データ、データのインポート、テキストファイル・・・を選択します


    • データセット名を指定し、変数名はあり、クリップボード、タブをチェックし、OK をクリックします



  12. 作図

    • KMggplot2、Kaplan-Meier プロット... を選択します


    • 時間変数、イベント変数、必要に応じてその他のオプションを設定し、OK をクリックします。グラフをファイルにセーブしたい場合はグラフの保存にチェックを入れておきます


    • 実行結果です