Triad sou.

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-2

追記 最新バージョン (R commander 用プラグイン) が CRAN から利用できます! RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-3 is on CRAN now 旧バージョン RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-2.zip: Windows 用バイナリ (Dropbox) RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-2.tar.gz: Linux & Mac…

ggsave をいじって viewport で layout したファイルを保存してみよう

論文風な Kaplan-Meier plot を書いてみよう で試してみましたが、grid package の viewport を使うと、柔軟な感じにレイアウトを決めることができました。 普通に png や pdf でファイルを保存することもできますが、ggplot2 pacakge の ggsave が便利なの…

R 2.13.0 の OpenMP 関連 make マクロ

R

R 2.13.0 から OpenMP 用のマクロ SHLIB_OPENMP_CFLAGS SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS SHLIB_OPENMP_FCFLAGS SHLIB_OPENMP_FFLAGS が Makevars ファイル中で使えるようになっていたらしい (Writing R Extensions)。パッケージの src ディレクトリ中に OpenMP に対応…

論文風な Kaplan-Meier plot を書いてみよう

追記 マウス操作のみで作図が可能な R commander 用プラグインが CRAN から利用できます! RcmdrPlugin.KMggplot2_0.1-0 is on CRAN now - Triad sou. テスト版 require(ggplot2) require(survival) `kmg2.theme_gray` <- function (base_size = 12, base_fa…

ggplot2 の geom_text() 関数で fontfamily をいじってみよう

ggplot2-0.9.x では修正済です require(ggplot2) t <- c("a", "b", "c") x <- c(1, 2, 3) y <- c(2, 2, 2) d <- data.frame(x, y, t) windowsFonts(serif = "Times New Roman") p <- ggplot(data = d, aes(x = x, y = y, label = t)) + geom_text(size = 16 …

グループ変数が沢山ある場合の統計量の計算

R

グループ変数が複数セットあり、測定値が 1 セットある様なデータに対して、標本平均、総和、標本分散、偏差平方和をたぶん高速に計算できる関数を作りました。 以前作った 高速 tapply(X, INDEX, var) もどき関数 (グループ変数が1セットで、測定値が複数セ…

R で OpenMP を使ってみよう

R

R で OpenMP を使って並列演算できるかどうか試してみたのでメモを書いておこうと思います。 まず、Windows 環境では、RTools (MinGW) で OpenMP が使えなさそう (Re: Missing libpthread in RTools) でした。 しかし、R devel - gomp library with Rtools21…

Firefox 4 で論文検索リンク 1.0

PC

Firefox Add-on の論文検索リンク 1.0を復活させよう で修正したものに加えて xpi の定義ファイルのバージョンの部分を修正しただけですが、一応おいておきます。 ダウンロード (Dropbox) 地震でメイン PC の HDD が死んで、復旧作業中。 私はこの程度で済ん…

「独立成分分析」〜多変量データ解析の新しい方法〜

SGCライブラリ 18 臨時別冊・数理科学2002年11月「独立成分分析」〜多変量データ解析の新しい方法〜サイエンス社 2002.甘利俊一, 村田昇.詳細を見る 独立成分分析の本だが、推定関数の記述が非常に良い。 中身は、一夫と次郎と花子の3人の会話で内容を解説す…

最近のブーム

最近お勉強中のものをまとめてみよう。 推定関数、推定方程式 セミパラメトリックモデル Model miss-specification KLD Missing data 因果推論 情報幾何 数値解析 今までやってきたことが、いかに貧弱で、低レベルだったかということを再認識した。

ods pdf ステートメントで高解像度のグラフを作ろう

SAS

ods pdf のデフォルト出力は解像度が残念すぎて、とても使う気にはなれません。 という事で、解像度の設定について調べてみたら、dpi というオプションがありました。 ods results off; ods listing close; ods pdf file = "&Path.filename.pdf" dpi = 600 s…

mixi 用ツールを作ってみた

PC

mixi にログインして、html ファイルから一部を抜き出すソフトを作ってみた。 ほとんど書いたこと無かったけど Java ってラクだねw import java.awt.BorderLayout; import java.awt.Container; import java.awt.Frame; import java.awt.event.ActionEvent; …

Firefox Add-on の論文検索リンク 1.0を復活させよう

PC

Firefox 4 用の更新版 Firefox 4 で論文検索リンク 1.0 Firefox 3 用 グーグルの検索画面の上に、論文検索 (Google Scholar) へのリンクを追加するアドオン 論文検索リンク 1.0 が、Google ショッピングが追加されたときに使えなくなってしまいました。 この…

Word 2007の数式入力と数式オートコレクト

PC

数式オートコレクトのオプションが外れていると、linear format で入力した後にスペースで変換できない。

ods results statement

SAS

SAS で ods output するときに解析結果が大量あると、Results のツリー出力に時間がかかることがあります。 Output 画面への出力制御は ods exclude statement で設定出来ますが、ツリー出力の場合は ods results statement で設定できます。 data sim; do r…

フリーな読み上げソフト ReadPlease

PC

フリーで使える読み上げソフト ReadPlease 2003 を教えていただきました。 国際学会発表の準備に使っておられるそうなので、僕も使ってみようと思います。

第5回 R ユーザ会に行ってきた

R

togetter Rユーザー会2010 初日 Professor Hadley Wickham の発表資料 Rユーザー会2010 二日目 Professor Uwe Ligges の発表資料 Rユーザー会2010 三日目 鈴木 了太 (株式会社ef-prime) 「Rによるデータ解析ツールの新提案」 R Analytic Flow。 SAS EG みた…

SAS 9.2 で Enhanced Editor が表示されない現象が治った

SAS

いくつかの PC に SAS 9.2 をインストールしてあるのですが、そのうち 1 台だけ起動すると、 Enhanced Editor Unable to load managed editor component. Error: 0x80040154. The editor may not be installed properly.OLE: Out of memory.このようなエラー…

Enterprise Guide が起動直後に停止する

SAS

SAS Enterprise Guide 4.2 を Windows 7 に入れてみたところ SAS Enterprise Guide にエラーが発生しました。 作業中のファイルを保存して SAS Enterprise Guide を再起動してください。という、まるでだめなエラーメッセージを吐いて終了してしまった。 詳…

Beamer 3.10 にアップグレードした

以下を入手した。 LaTeX Beamer class 3.10 A (CTAN から) pgf 2.00 xcolor hyperref oberdiek /beamer/base/art で ebb する。 hyperref, xcolor, oberdiek を platex *.ins する。 とりあえず動くようになった。 公式サイトのファイルでエラーが出ることが…

試作品 (ggplot2 を使った RcmdrPlugin) のファイル

追記 最新バージョン(R commander 用プラグイン) が CRAN から利用できます! RcmdrPlugin.KMggplot2_0.1-0 is on CRAN now - Triad sou. 旧バージョン RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-2.zip: Windows 用バイナリ (Dropbox) RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-2.tar.gz:…

試作品のつづき

R

Windows7 での動作確認のついでに、日本語切り替えを追加してみた。

試作品 (ggplot2 を使った RcmdrPlugin)

リリース板 最新バージョン(R commander 用プラグイン) が CRAN から利用できます! RcmdrPlugin.KMggplot2_0.1-0 is on CRAN now - Triad sou. RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-3 is on CRAN now - Triad sou. 試作品 ggplot2 を使った RcmdrPlugin を試作してみ…

Rユーザ会

R

2010年度 統計数理研究所共同研究集会 「データ解析環境Rの整備と利用」開催のお知らせ 2010年度の統計数理研究所共同研究集会「データ解析環境Rの整備と利用」 を、下記の日程で開催いたします。興味のある方は、ぜひご参加ください。 日程:2010年11月25日…

glm() でオッズ比と信頼区間を求める

R

基礎的すぎるから知らなかったのか confint(ModelName, level = 1-alpha) という関数があったらしい、プロファイル尤度に基づく信頼区間を計算できる (2012/6/19 記述を修正)。 d <- c( 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0, 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0, 1,0,0,0,0,0,0,0,0,0, 1,1…

Generalized Linear Models

Generalized Linear Models, 2nd editionposted with amazletMcCullagh P, Nelder JAChapman & Hall, 1989Amazon.co.jp で詳細を見るMcCullagh and Nelder の GLM が 2 日前にとどいた! 送料込みで $79.10 だった、結構安いと思う。 入門としては Dobson の…

factor(cut()): 連続変数のカテゴリ化

R

set.seed(314159265) height <- rnorm(30, 170, 7) factor(cut(height, breaks = quantile(height, c(0, 0.25, 0.50, 0.75, 1)), include.lowest = TRUE)) [1] (175,181] (167,172] (167,172] (167,172] (167,172] [158,167] (175,181] (175,181] (167,172] …

ggplot2 日本語用テーマ

ggplot2-0.8.7 で、テーマ theme_gray() を日本語向けに直してみよう。 数ヶ月前に ggplot2 でフォントファミリー・サイズを変更できるようなテーマを作りました。 ggplot2 は当然英字出力で調整しているはずなので、日本語を含む場合はファミリーやサイズに…

数理統計学 (講座 数学の考え方)

数理統計学 (講座 数学の考え方)posted with amazlet吉田朋広朝倉書店, 2006.Amazon.co.jp で詳細を見る少し図書館を散歩していたらこの本を発見。 残念ながら目次の詳細が Web 上で見付からなかったのですが、漸近展開の辺りの記述が参考になると思いました…

情報

m3 の海外ジャーナル日本語サマリー NEJM, Lancet, JAMA, Ann Intern Med, BMJ の新着論文リスト。 日本語に要約した文章が 2 行付いてきてとても便利。 登録 (医療従事者のみ) するともう少し詳細な要約が読める。試しにやってみたところ、条件には合致して…

On-line algorithm

分散のオンラインアルゴリズム (逐次更新計算)

負相関変量法・対称変量法

モンテカルロ法で積分値を推定する問題では、いくつかの分散減少法がしられています。 そのうちの一つである、antithetic variates method (負相関変量法・対称変量法) についてまとめてみようと思います。では、積分 \[ \int_a^b f(x) \mathrm{d}x= \int_0^…

単純モンテカルロ積分 (2)

今回も \[ \int_a^b f(x) \mathrm{d}x= \theta \] の様な積分値を推定する問題を考えます。このままでは $[0,\, 1]$ の一様乱数を利用できないので、 \[ x=a+(b-a)r \] \[ \frac{\mathrm{d}x}{\mathrm{d}r}=b-a \] \[ 0\leq r \leq 1 \] の置換積分を考えま…

単純モンテカルロ積分 (1)

単純モンテカルロ積分なんていう基礎的な事を復習してみました。自由度 $\nu=1$、分散共分散行列が \[ \mathbf{R}=\begin{pmatrix}1.0&0.7\\0.7&1.0\end{pmatrix} \] の 2 変量 $t$ 分布について、 \[ \int_{a_1}^{b_1}\int_{a_2}^{b_2}\mathrm{MVT}_2(t_1,\…

フィッシングメール

PC

巷では噂になっている、Amazon.com を装ったフィッシングメールが届いた。 HTML メールで、リンク先のドメインが caveidea.ru / superkub.com だった。 Thunderbird 3.1 は感知してくれました。

decimal / binary converter

R

十進数を二進数に変換する演算が必要になったので調べてみました。 wle package に binary() 関数というものがあり、そいつを少し弄ればよいことが分かった。 それだけではちょっとつまらなかったので、再帰を使って自分でも書いてみた。 # 再帰で書いた関数…

McNemar's test

以前は単なる対応データの割合が一致するかどうかの検定ぐらいの認識だったので、ちゃんと勉強してみようと思いました。 でも McNemar の原典 [3] を読むとさっぱり分からなかったので Kbauth 1985 [2] なども読みました。McNemar's test は、 \[ H_0:\, \pi…

Statistics Survays やら NCI The Biometric Research Branch の HP

お役立ちリンク情報。NCI The Biometric Research BranchReprints & Presentations から様々な文献がダウンロードできる。本もダウンロードできる、という情報を後輩からもらったので紹介。 Statistics SurvaysASA, IMS, Bernoulli, Statistical Society of …

正規線型モデルの条件付き推測

正規線型モデルとは書いたのですが、結局の所 $\mu$ なのか $X\beta$ なのかの違いだけなので、確率モデル \[ Y_{i} \overset{\mathrm{i.i.d.}}{\sim} \mathrm{N}(\mu, \s^2); i=1, \ldots, n, \] を考えます。この確率モデルのもとで、$\mathbf{Y}$ の同時…

Sumatra PDF viewer

TeX

TeX の PDF viewer を Sumatra PDF viewer に変えてみました。 PDF ファイルをロックしない仕様で、ファイルが更新されたら読み直してくれる、dviout ライクに使えてとっても便利になりました。

pdfpagelabels の warning を消したい

Beamer & pdfpagelabels warning (LaTeX Community) \documentclass[hyperref={pdfpagelabels=false}]{beamer} ドキュメントクラスのオプションに入れておくらしい。 気になっちゃう人向け。 関連記事 Beamer 3.10 にアップグレードした Beamer 3.10 の場合…

局外パラメータを消す方法

最近勉強していると、必ずこの問題にぶつかるので、今のうちに整理しておこうと思う。 ここで、統計モデル \[ f(\mathbf{Y} \mid \boldsymbol{\theta}, \boldsymbol{\phi}), \] を考えよう ($\mathbf{Y}, \boldsymbol{\theta}, \boldsymbol{\phi}$ は全てベ…

参考文献リストの色を変更する

印刷したら薄くなってしまった。 bibtex などをちゃんと使っている時は、エントリーの種類毎に \setbeamerXXX できる。 bibitem べた打ちの場合は {bibliography entry author} が \setbeamerXXX の対象になるみたい。 \setbeamercolor{bibliography entry a…

バッチファイル 実行ディレクトリ名の取得 (2)

PC

なんか悔しかったので、ループを使わない方法を考えてみた。 @echo off call set CPATH=%CD% cd ../ call set UPATH=%CD% call set CDN=%%CPATH:%UPATH%=%% call set CDN=%CDN:~1% cd %CPATH% echo %CDN% PAUSE ルートディレクトリだった場合とかは考えてい…

ggplot2 の自分用メモ集を作ろう

プロットの作製 基本プロットを作る Geoms Aesthetics 違う種類のグラフを重ねる 参照線の追加 グループ分け 層別プロット スケールと軸 Scales 軸ラベルやタイトルの変更 軸の表示範囲を変更する 軸の左右の余白を削除する 軸表示の修飾 日時の軸スケール …

ggplot2 の自分用メモ集を作ろう (古い内容)

古い記事を移動しました。 基本プロットを作る 基本的な手順は、 ggplot() にデータフレームと各軸や層に対応する変数名を指定する 書きたいグラフに対応する geom_XXX() を足す の二つが分かっていれば OK です。 これに加えて、統計処理をしてくれる stat_…

SAS 9.2 でファイルタイプの関連付けを再設定する方法

SAS

Usage Note 32464: Registering file types via the SAS Filetype Registration Utility for SAS 9.2 Phase 1 and SAS Enterprise Guide を使う。 上の記事内の [1. Navigate to Index of /techsup/download/pc.] のリンクからユーティリティーをダウンロー…

gdipp と MS Word

PC

gdipp ってなに 最近話題なので入れてみました。 gdipp - Project Hosting on Google Code 窓の杜 - インストールするだけであらゆるソフトのテキストを美しく滑らかに描画「gdipp」 gdipp_x86_0.7.6.msi を program loader でインストール。 MS Wordだと こ…

DDE を使って Excel シートの指定範囲を初期化する SAS マクロ

SAS

%macro DELSHEET(rc); %local vlen nlen k var; data _null_; rc = "&rc."; s = find(rc, "R"); e = find(rc, "C"); r1 = substr(rc, s+1, e-s-1); s = e; e = find(rc, ":"); c1 = substr(rc, s+1, e-s-1); rc = substr(rc, e+1, length(rc)-e); s = find(r…

Google の左メニューを消してくれるFirefox Add-on

PC

Hide/Show Google left-hand menu 1.0.4 右なら良かったのにねぇ。 ↓ 慣れてきた。 旧検索にも戻せるらしい。 http://www.google.co.jp/webhp?hl=all 消えちゃった?