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R

ggplot2-2.0.0 の拡張

ggproto と export ggplot2 の v2.0.0 では OO の機構が ggproto というパッケージ内に含まれた独自のものに変更され、他のパッケージからの拡張が容易になったようです。 詳しくは、Extending ggplot2 に公式の解説があるので、これを熟読すると良いでしょ…

ggplot2の最新版(1.1.0?)ではまった点のメモ

そろそろ ggplot2 の最新版が CRAN にリリースされるようなので、自分のパッケージのメンテナンスをしました。 メンテナンス中に困った点をメモしておこうと思います。 stat_summary fun.args でパラメータを渡さないとエラー。 # <= 1.0.1 stat_summary(fun…

Recoding a factor variable in a data.frame by the levels() function

R

When you want to change the coding of a factor variable in R, you can use the levels() function. Recoding z as 1 = A, 2-6 = B, 7 = C d <- data.frame(z = gl(7, 1, 14)) d$zc <- factor(d$z) levels(d$zc) <- list(A = 1, B = 2:6, C = 7) d Result…

R Commander による Kaplan-Meier プロットの作図手順

R

R のインストール バージョン 2.15.0 以上の R をインストールします。ソフトウェアのインストールをした経験がある方なら特に困ることはないでしょう。 Windows の場合 Download R-3.2.3 for Windows. The R-project for statistical computing. Mac の場合…

記号微分

R

deriv を利用して、R で記号微分してみます。 正規分布の対数尤度関数を記号微分してみよう 正規分布の対数尤度関数は、 \[ l(\mu, \s; x)=-\frac{\log(2\pi\s^2)}{2}-\frac{(x - \mu)^2}{2\s^2} \] ですので、これを偏微分すると、 \[ \begin{align*} \frac…

"..count.. + facet_grid" の挙動について

追記 ggplot-0.9.1 で修正されていました! ggplot-0.9.1 での実行結果 メモ スクリプトの書き方が良くないのかもしれませんが、..count.. と facet_gridを併用したときの挙動をメモっておきます。 バージョンは R-2.15.0 + ggplot-0.9.0 です。 こう書くと…

New 'ByteCompile' field in the DESCRIPTION file

R

R 2.14.0 から DESCRIPTION ファイルに 'ByteCompile' フィールドを指定できるようになったらしい。 パッケージ中の R コードを自動的にバイトコンパイルしてくれるため、ものによっては高速化が見込めるという感じ。 試してみようかな。 The `ByteCompile' …

Reference class に roxygen2 用のコメントを入れる方法

R

先日 Reference class に roxygen 用のコメントを入れる方法 という記事を書いたのですが、実は全然ドキュメントを作れていなかったことに今更気づいたので、せっかくなので roxygen2 用の場合を作ってみました。 基本的には変わっていませんが、@section で…

箱ひげ図に横棒を追加する

以下のようにすると簡単に横棒付きの箱ヒゲ図を作成できます。 require("ggplot2") df <- data.frame( x = rep(1:5, each = 50), y = rt(2500, 3) ) ggplot(df, aes(x = factor(x), y = y)) + stat_boxplot(geom = "errorbar", stat_params = list(width = 0…

Rcmd Rd2dvi が失敗する

R TeX

Rcmd Rd2dvi で PDF マニュアルを作成することがあるのですが、いつの間にか失敗してしまうようになっていて困っていました。 しかし、単に Rcmd Rd2dvi の実行には MikTeX が必要 (推奨) だったようで、インストールすると問題無く PDF マニュアルを作れる…

コピペでデータ読み込み

R

R で Excel などに入力されたちょっとしたデータを読み込む時、データ整形に結構手間がかかってめんどくさいと思っていましたが、 How to read space delimited data into a data frame from your script/document file? (Stack Overflow) ではコピペだけで…

Reference class に roxygen 用のコメントを入れる方法

R

お詫び 下記の内容は不十分だったため、roxygen2 について記事を書きました。 Reference class に roxygen2 用のコメントを入れる方法 内容 Reference class を用いたパッケージの R スクリプトに roxygen 用のコメントを入れる方法を模索してみました。 S4 …

Reference class の initialize メソッドについて

R

initialize メソッドの挙動 を調べていたら、R devel の ML (Ref Classes: bug with using '.self' within initialize methods?) と TractoR というパッケージのコードを見つけ、これを参考に uninitializedField に初期値を与えてみるコードを書きました。 …

About the RcmdrPlugin.KMggplot2

I aim to make a brief version of a ggplot2 GUI-frontend "with Japanese translation (I am Japanese)." I think that the Deducer and the yeroon.net/ggplot2 is pretty good software. Currently, I'm trying to find bugs and to restructure impleme…

RcmdrPlugin.KMggplot2 について

日本語化済みの ggplot2 用の GUI フロントエンドはたぶん無いと思うので、簡易版ですがパッケージを作ってみました。 Deducer や yeroon.net/ggplot2 の様に、もっとしっかりとした良いソフトもありますので、そちらもお試しください。 しばらくはバグ探し…

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-3 is on CRAN now

RcmdrPlugin.KMggplot2 (CRAN) I posted an Rcmdr plug-in for a "ggplot2" GUI front-end on CRAN. This version supports Kaplan-Meier plot and other plots as follow: Kaplan-Meier plot Show no. at risk on inside Show no. at risk table on outside…

An alternative of the base:setdiff(x, y) for list objects

Using the base::unique(x), the base::setdiff(x, y) has the same problem as follow: > unique(list(a=1,b=2,c=3,a=1)) [[1]] [1] 1 [[2]] [1] 2 [[3]] [1] 3 So, I wrote an alternative of the base::setdiff(x, y) function, too. lsetdiff <- functio…

An alternative of the base:unique(x) for list objects

The base::unique(x) function returns a vector, data frame or array that were removed duplicate elements/rows. When the x is a list object, the base::unique(x) returns an unnamed list object as follow: > unique(list(a=1,b=2,c=3,a=1)) [[1]] …

リストを ... (dot-dot-dot) 引数に変換して関数を実行する方法

R

tkgrid にリストを投げるとエラーを頂戴するので、足掻いてみました。 この場合は単に do.call で OK、勉強不足でした。 require(tcltk) tt <- tktoplevel() b1 <- tkbutton(tt, text = "OK 1", command = function() tkdestroy(tt)) b2 <- tkbutton(tt, tex…

R の model.frame オブジェクトについて

R

model.frame オブジェクト model.frame オブジェクトは、R でデータとモデル式を統一的に扱うためのオブジェクトです。 実体は data.frame クラスのデータに、モデル式を含むいろいろな attributes が付加されたものです。 d <- e <- rep(1, 10) c <- 1:10 b …

reorder 関数を使って横軸の順序の並べ替えを行う方法

ggplot2 で geom_bar(stat = "identity") を利用して棒グラフを作成するときに、横軸の順序を変える方法をまとめてみます。 特に要約データなどを持っていて、ヒストグラムをプロットしたい時などに利用できるかと思います。 方法としては、データフレームに…

やっつけ jitter 関数 (箱ひげ図用)

R

ある本を読んでいたら、箱ひげ図に jitter を付加した散布図を重ねて描いていたので、再現してみようと思い適当に作りました。 散布図のプロットの際に、 近くに点があり重なりそうな場合には、jitter を強めに付加する 特に tie になる場合はちゃんと重なら…

passing parameters to ggplot

おもしろそうなコードを 教えてもらった。 require(ggplot2) DS <- data.frame(speed=rnorm(10), dist=rnorm(10)) f <- function(DS, x, y) { aes <- eval(substitute(aes(x, y), list(x = substitute(x), y = substitute(y)))) p <- ggplot(DS, aes) + geom…

RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-2

追記 最新バージョン (R commander 用プラグイン) が CRAN から利用できます! RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-3 is on CRAN now 旧バージョン RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-2.zip: Windows 用バイナリ (Dropbox) RcmdrPlugin.KMggplot2_0.0-2.tar.gz: Linux & Mac…

ggsave をいじって viewport で layout したファイルを保存してみよう

論文風な Kaplan-Meier plot を書いてみよう で試してみましたが、grid package の viewport を使うと、柔軟な感じにレイアウトを決めることができました。 普通に png や pdf でファイルを保存することもできますが、ggplot2 pacakge の ggsave が便利なの…

R 2.13.0 の OpenMP 関連 make マクロ

R

R 2.13.0 から OpenMP 用のマクロ SHLIB_OPENMP_CFLAGS SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS SHLIB_OPENMP_FCFLAGS SHLIB_OPENMP_FFLAGS が Makevars ファイル中で使えるようになっていたらしい (Writing R Extensions)。パッケージの src ディレクトリ中に OpenMP に対応…

論文風な Kaplan-Meier plot を書いてみよう

追記 マウス操作のみで作図が可能な R commander 用プラグインが CRAN から利用できます! RcmdrPlugin.KMggplot2_0.1-0 is on CRAN now - Triad sou. テスト版 require(ggplot2) require(survival) `kmg2.theme_gray` <- function (base_size = 12, base_fa…

ggplot2 の geom_text() 関数で fontfamily をいじってみよう

ggplot2-0.9.x では修正済です require(ggplot2) t <- c("a", "b", "c") x <- c(1, 2, 3) y <- c(2, 2, 2) d <- data.frame(x, y, t) windowsFonts(serif = "Times New Roman") p <- ggplot(data = d, aes(x = x, y = y, label = t)) + geom_text(size = 16 …

グループ変数が沢山ある場合の統計量の計算

R

グループ変数が複数セットあり、測定値が 1 セットある様なデータに対して、標本平均、総和、標本分散、偏差平方和をたぶん高速に計算できる関数を作りました。 以前作った 高速 tapply(X, INDEX, var) もどき関数 (グループ変数が1セットで、測定値が複数セ…

R で OpenMP を使ってみよう

R

R で OpenMP を使って並列演算できるかどうか試してみたのでメモを書いておこうと思います。 まず、Windows 環境では、RTools (MinGW) で OpenMP が使えなさそう (Re: Missing libpthread in RTools) でした。 しかし、R devel - gomp library with Rtools21…